建长六年（1254年）觉心回国后，将尺八传给了日本人寄竹及张参的徒弟四居士。寄竹以下的第五代是僧“虚无”。他开始规定了衣服规格，制出天盖（僧帽）、挂络（短袈裟）、副子等。虚无是楠正成之孙，避世为僧，吹箫流浪四方。此后，流浪之徒往往皈依此宗，建寺院，分派别，逐渐兴盛，形成普化宗。普化宗主张垄断使用尺八，将尺八作为托钵的工具，一种法器（不当作乐器）。他们将吹奏作为法事的一环，是禅的手段，把吹奏本身当作一种禅，所以称为吹禅，结果就变成了尺八的独奏或合奏，产生了一种独特的冥想的氛围，因而又称“普化尺八”或“虚无尺八”。到了德川时代为了收容各地的浮浪武士，普化宗被政府利用，当作“勇士浪人之隐家，武人修行之宗门”。禁止非武士加入此宗，严格衣服之制，允许本宗的人携带木刀、护身剑，而禁止宗外之人持箫。其时，幕府常以彼等作侦探，给予种种特权，由是权势日张，弊端迭起，德川中期以后复衍生诸多流派，弊害更甚。因此到了明治四年（1871年），普化宗被明治维新政府废止了。这时尺八面临存亡的危机，在荒木古童等当时琴古派倡导者的尽力保护下，使之脱离普化宗，被承认作为乐器而存在，更注重尺八与其它乐器（筝、三味线）的合奏，以东京为中心逐渐向全国得到了普及，并形成了琴古、都山、上田、竹保四大流派。明治以后的近代尺八被广泛运用与民谣、现代歌谣、通俗音乐、电影音乐及新日本音乐等领域，受西洋音乐的影响，也出现了能吹奏半音阶的多孔尺八（因篇幅所限，关于尺八在日本的发展史，本文不详述）。
时至今日，尺八已成为日本广为流行的民族乐器了，这实在令我们中国人惭愧！如今尺八的故乡除在福建南音中尚存尺八的遗制外，几乎在民族乐器的百花园中销声匿迹了！这究竟是什么原因？为什么尺八在宋代以后就消失了？为什么尺八不能像笛子一样在中国流传下来？这又是另一个难解之题，期待于有识之士研究、探讨。